Discuter:Protéine

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Dans la classe des Protides on trouve : - les acides aminés (aa) qui sont les molécules-éléments - les peptides ou les polypeptides, constitués de quelques acides aminés assemblés en chaînes par des liaisons peptidiques. - les proteines constituées d'un minimum de 90 acides aminés (certaines en contiennent plus de 1000 aa; ces chaînes peuvent s'assembler, se "tordre" grâce à des ponts disulfures.

Sauf erreur de ma part, un protide est synonyme de polypeptide. Etant donné que l'on appelle protéine tout polypeptide de plus de 100 acides aminés (peptides) par convention, il n'est pas nécessaire de faire la différence entre eux.Kain59 13 janvier 2006 à 14:54 (CET)

Protide:Un état ionisé du protium.

Après quelques recherches sur des sites médicaux 'français' il apparait que les Protides existent et ne sont pas un anglicisme du terme Proteine Du coup, votre assimilation des acides aminés simples et des peptides ou polypeptides en tant que Proteines semble erronée. Je n'ai pas les compétences médicales pour corriger, ou demander la correction des pages concernées mais je m'appuie sur les indications de médecins compétents. David Latapie (✒ | @) 13 août 2006 à 13:42 (CEST)

En fait, le terme de proties est employé en médecine mais rarement (voire jamais) en biochimie. Il est courant qu'en science, un même chose porte des différents selon la communauté à laquelle on s'adresse. Fondamentalement, rien de différencie véritablement un peptide, un polypeptide ou une protéines si ce n'est le nombre d'acides aminés qui le/la compose: même propriété physico-chimique (un point isoélectrique), même composition chimique (acide aminé), même structure (structure primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire). En ce qui concerne la définition de protides, pour moi, cela désigne l'ensemble protéines/polypeptides/peptides; Mais le mieux serait sans doute de demander l'avis d'un médecin! Sinon, j'ai relu l'article et je n'ai pas trouvé où acide aminés et protéines étaient assimilés: peut être parlez vous de la phrase « Une protéine, parfois appelée protide, est une macromolécule composée par une chaine (ou séquence) d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. ». Auquel cas, cette phrase est juste puisque les protéines sont effectivement composée d'acides aminés. -- Foobar 13 août 2006 à 20:13 (CEST) (je me suis permis de déplacer votre commentaire dans un ordre chronologique par rapport aux précédents)

Terminologie. Je ne suis pas biologiste mais il me semble que les définitions les plus logiques seraient plutôt celles-ci :

Un peptide est une molécule chimique formée d'acides aminés reliés entre eux par des liaisons peptidiques.
Un polypeptide est un peptide contenant un grand nombre d'acides aminés.
Une protéine est une entité biologique (c'est-à-dire qu'elle est synthétisée et utilisée par des êtres vivants ou des virus) formée à partir d'un polypeptide. Une protéine fait prioritairement référence au domaine du vivant.
Le terme protides (sur le modèle des glucides et des lipides) désigne de la matière formée de peptides. On peut l'utiliser dans le domaine alimentaire (matière inerte) ou dans le domaine médical (matière vivante). Si je prends des protéines issus d'un organisme vivant et que je casse grossièrement les molécules qui les constituent de telle sorte qu'elles soient inutilisables dans un organisme vivant, alors je ne peux plus vraiment parler de protéines. Mais, si cette matière contient toujours des acides aminés et des liaisons peptidiques, je peux parler de protides.

Arct (d) 3 janvier 2008 à 18:42 (CET)

[modifier] Introduction

J'ai vulgariser un peu l'introduction afin des la rendre plus accessible au non initiee. Il est toujours temps dans l'article d'aller plus dans le detail. Notez que je ne dispose pas d'un clavier AZERTY. Je n'ai donc pas pu mettre les accents sur les voyelles. -- Foobar 21 juin 2006 à 19:09 (CEST)

J'ai a nouveau retoucher l'introduction pour qu'elle soit la plus accessible possible tout en restant juste scientifiquement. J'espere y etre parvenu autant que possible. Notez que je ne suis pas d'accord sur 3 points qvec la version precedente:

Les termes de peptides et polypeptides tendent a disparaitre au profit de petites proteines. Personnellement, je travaille sur des peptides et polypeptides et je n'ai pas entendu parle de petite proteines plus que ca. Il est vrai que l'on pqrle facilement de peptides lorsque l'on travaille sur un morceaux de proteine, qq soit ca taille.
La structure tridimensionnelle d'une proteine depend de sa structure primaire : non, pas totalement! Elle depend de sa structure primaire ET de son environnement (solvant, cofacteur, ...)
Il est difficile voire impossible de connaitre la structure tridimensionnelle d'une proteine a partir de sa sequence : oui et non. Non dans 75% des cas ou l'on a de forte de chance d'avoir une proteine homologue dont on connait deja la structure 3D. Oui pour les 25 autres %. Mais si l'on a invente des methodes pour determiner la structure 3D des proteines, c'est pour etudier leurs fonctionnement, pas parce qu'il est repute difficile de connaitre leur structure 3D a partir de leur structure primaire :-)

-- Foobar 29 juin 2006 à 00:09 (CEST)

Il est normal d'entendre parler de protide lorsqu'on bosse dessus. Toutefois, en biologie, on en parle presque plus. Le 2e point est correct, bien entendu, mais le codage est contenu dans la séquence primaire, lui-même destiné à être exprimé dans les conditions de la cellule. Pour le 3e point, les méthode d'homologie sont des méthodes empiriques, du bricolage et ne marche en géneral que pour les protéines appartenant à la même famille ou ayant un motif commun, sinon, ça ne marche jamais. Je parle d'expérience. En plus, l'image des pinces pour le sucre est pas géniale. J'ai donc reverté :) Moez ^m'écrire 29 juin 2006 à 00:28 (CEST)

J'insiste sur le 2eme point. Il exsite de plus en plus d'exemples de proteines pouvant adopter des structures completement differentes selon les conditions dans lesquelles elles se trouvent. La structure primaire n'est donc pas le seul et unique determinant de la structure 3D. Pour etre claire, si l'on avait des methodes capable de predire la structure 3D a partir de la structure 1D, ca ne marcherait que pour 2/3 des cqs q vu de nez a cause de tout ca! C'est d'ailleurs pour ca que je m'abstient de parler de codage de la structure 3D bien qu'il y ait des etudes en ce sens. Mais bon, n'entrons pas dans un debat trop obscur. Quoi qu'il en soit, je maintiend que si l'on cherche a determiner la structure 3D, c'est que l'on espere en deduire des information sur la fonction, et non parce qu'il est difficile de faire le lien structure 1D->3D. J'ai donc remodifie pour mettre se mettre d'accord.

Sinon, je continue de trouver cette introduction trop difficile pour un non initie. Mais je pense qu'il faudrait un non initie pour trancher :-). J'ai egalement place le lien vers la biophysique dans les "voir aussi" -- Foobar 29 juin 2006 à 00:42 (CEST)

[modifier] Plan de l'article

En relisant l'article, je me suis rendu compte que le plan etait vraiment bizarre : des element d'introduction (p.ex. ethymologie) se retrouve au milieu de l'article, il y a une partie sur la fonction des proteines apres plusieurs paragraphes detaillant des fonctions precises... C'est tout sans dessus dessous! J'essaierai de remettre un peu d'ordre des que possible. En attendant, j'ai place un bandeau "ebauche d'article" -- Foobar 30 juin 2006 à 17:16 (CEST)

oui, c'est une bonne ideée. Moez ^m'écrire 30 juin 2006 à 20:22 (CEST)

J'ai commencé a modifier la structure de l'article en travaillant sur l'introduction, la synthèse et la classification selon la fonction. Cette dernière partie ne me plait que moyennement et devrait probablement être retravaillée. Mais je laisse quelqu'un de plus biologiste que moi le soin de le faire :-) -- Foobar 3 juillet 2006 à 01:05 (CEST)

Salut Foobar,

En fait, lorsque j'ai jugé bon d'introduire les fonctions des protéines, c'est que, à la lecture de l'article, il n'apparaissait que des détails chimiques, structurels, mais pas grand chose sur la diversité des fonctions. Or, je pense que le lecteur doit savoir rapidement que les protéines sont caractérisés par la diversité de leurs fonctions (comme leur nom l'indique). Je vais tacher de retravailler ces parties. Si tu as des idées précises, fait m'en part. Moez ^m'écrire 3 juillet 2006 à 01:53 (CEST)

Tu as mille fois raison. C'est surement la principales chose à fire ressortir de l'article! J'ai essayé de faire qqchose en ce sens mais pour l'instant, j'ai l'impression de tourner autour du pot sans que ça aboutisse qq part. Bon courage! Notes qu'il y a des ébauches d'articles disponibles sur la structure des protéines et les propriétés physico-chimiques des protéines, si cela peu aider.

Bonjour à tous, je suis chercheur spécialisé dans la prédiction de la structure des protéines et j'ai essayé de mettre un peu de clarté dans l'article en réorganisant le plan et en créant un nouvel article sur la fonction des protéines qui est en soit un gros travail.--Amarin 11 septembre 2006 à 15:24 (CEST)

Bienvenue au club :) Plus on sera nombreux, meilleurs l'article sera! En générale, les articles de biochimie manquent sérieusement de sources, alors n'hésites pas à rajouter des ref! Ca fait q temps que j'en cherche pour l'articles sur la structures des protéines. Impossible de retrouver les réf donnant des valeurs fiables pour les hélices π et 3₁₀ ainsi que pour les turns! Je pense aussi que l'article sur la laisons peptidique mériterai un sérieux coup d'accélérateur... -- Foobar 12 septembre 2006 à 04:32 (CEST)

[modifier] Proteines en poudre

J'ai supprimer le passage sur les proteines en poudre qui etait clairement non neutre. Le but de wikipedia n'est pas de faire l'apologie de tel ou tel produit mais d'expliquer le pourquoi du comment. De plus, je pense qu'il eu ete plus judicieux de creer un article specifique sur les proteines en poudre plutot que de rajouter une section ici. Pour ma part, je pense preferable de rester assez general sur les proteines plutot aue de faire une liste de cas particulier. Enfin, si les proteines en poudres ne sont pas a proprement parler un produit dopant leurs consommation comporte un certain danger : le foie et les reins peuvent en prendrent un sacre coup sans compter les possibles effets allergenes. -- Foobar 21 juin 2006 à 18:47 (CEST)

[modifier] Voir aussi

J'ai rajoute des liens vers les articles sur la biophysique et la proteomique. J'ai commente les liens sur les proteines fibreuses/proteines globulaires Je pense que ce genre de notions est depassees a l'heure actuelle mais je prefere avoir des commentaires la-dessus. -- Foobar 29 juin 2006 à 00:58 (CEST)

[modifier] Protéine, gène etc...

J'ai retravaillé la partie sur tout ce qui concernait les protéines, les gènes et l'évolution. Une partie a été intégrée à la partie Synthèse des protéines et un autre a été placée dans une partie Protéine et évolution. Je ne suis qu'a moitié satisfait du résultat, ma prose étant un peu lourdingue à mon avis. De plus, je me suis basé sur des vieux cours d'IUT et sur ma mémoire qui flanche. Il serait bon que qq1 actualise un peu tout ça et rajoute des références up-to-date. Je crois savoir que les bouquin des éditions De Boeck sont pas mal fait... -- Foobar 23 juillet 2006 à 21:51 (CEST)

[modifier] liens externes

Bonjour,

Je trouve que la rubrique liens externes est assez peu pertinente. Elle ne contient que des liens vers des projets de recherches qui sont certes interessants mais ne sont pas vraiment une sources d'information sur les proteines (dans le cadre de l'article tel qu'il est actuellement). Pour aller au bout de ma pensee, je trouve que ca fait plutot "pub". A la rigueur, on peut toujours mettre le site de la PDB avec sa fameuse "molecule du mois"...

Foobar 8 mars 2007 à 18:01 (CET)

[modifier] Nomenclature des protéines

Il serait intéressant de parler de la nomenclature des protéines (noms de code, recensement, base de données). Cela aiderait aussi la construction de {{Infobox Protéine}}. {{User:STyx/Signature}} 13 octobre 2007 à 21:30 (CEST)