SIMAP
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Similarity Matrix of Proteins, ou SIMAP, est une base de données de similitude entre protéines et des domaines protéiniques. Celle-ci rassemble toutes les séquences de protéines actuellement publiées et est continuellement mise à jour. Les similitudes entre protéines sont calculées à l'aide de l'algorithme FASTA qui fournit une vitesse optimale et une sensibilité nécessaire. Les domaines de protéines sont calculés en utilisant la base de donnée et les méthodes d'InterPro.
SIMAP est un projet commun du centre national de recherches GSF pour l'environnement et la santé, de l'université technique de Munich, et du centre de la vie et des sciences de l'alimentation Weihenstephan. L'utilisation des résultats de SIMAP est entièrement libre pour l'éducation et la recherche publique.
SIMAP utilise la plateforme de calcul distribué BOINC. Grâce à l'utilisation de BOINC, chacun peut participer, avec son ordinateur personnel, à la mise à jour continue de la base de donnée.
Statistiques de SIMAP au 7 janvier 2008:
| Élément | Nombre |
|---|---|
| Bases de données | 590 |
| Protéines | 32 036 999 |
| Séquences | 18 167 030 |
| Acides aminés | 4 191 546 191 |
[modifier] Voir aussi
[modifier] Liens internes
[modifier] Liens externes
- (en) Site officiel
- (en) Base de données SIMAP
