Discuter:Origines de la vie

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	Tâches à accomplir pour Origines de la vie	modifier • suivre • rafraîchir • aide
	Sourcer l'article Kelson 19 novembre 2007 à 15:34 (CET)

Une partie de cet article est repris du site : [1] Bioscope sous licence Art Libre après accord de l'auteur. Siren 16 déc 2004 à 09:28 (CET)

[modifier] détail de traduction

Dans l'article en anglais, il est dit: Procedures for producing random RNA molecules can produce "ribozymes", which are able to produce more of themselves under very specific conditions.

Quelle est la bonne traduction de produce more of themselves ? se reproduire, se dupliquer, se recopier ?
Dans le contexte de cet article, se reproduire a peut-être une signification trop forte. Je ne suis pas assez spécialiste pour décider s'il y a une nuance ou pas. TahitiB 21 déc 2004 à 17:15 (CET)

Mon impression est que la version anglaise choisit d'employer une périphrase, et donc évite volontairement les équivalents reproduce, duplicate, copy. Je ne suis pas spécialiste non plus. En suivant quelques liens sur en: il semble que phénomène en jeu est l'autocatalyse, j'imagine que l'auteur a préféré la périphrase à un mot comme reproduire ou dupliquer qui aurait pu suggérer d'autres mécanismes. Une suggestion à deux balles : dans certaines conditions très particulières, lorsque des ribozymes sont présents, d'autres peuvent se former/être créés/apparaître [à leur contact]. Ça ne rend pas tout à fait la version anglaise, puisque la forme active, produce disparaît, mais exprime un peu l'idée d'autocatalyse. Il me faut quand même avouer que je n'y connais rien ;-) Didup 21 déc 2004 à 20:54 (CET)

[modifier] Gros remaniement

J'ai effectué un important remaniement de l'article. J'ai placé ma version sur ma page : Utilisateur:Nojhan/Origines de la vie

Si personne n'y voit d'inconvénient, je la placerais d'ici peu à la place de l'article en ligne.

Vous pouvez regarder les différences entre les deux versions, dont voici les principales :

• gros remaniement du plan pour mettre en avant les principales étapes,
• explications précises sur le « monde à ARN » qui est en passe de devenir l'hypothèse la mieux acceptée en biologie de l'évolution,
• suppression des digressions fantaisiste (à mon avis) sur la « vie minérale »,
• suppression du passage sur les archées, dont le rôle est abordé en détails plus haut dans l'article.

Ces deux derniers points sont sans doute ceux qui poseront le plus de problèmes, merci de donner votre avis. — NoJhan ♥! 25 août 2005 à 23:08 (CEST)

Un petit détail , je propose de ne pas citer que JMS considère 8 transitions si on en cite que 3 , ou alors dire ce qu'ont ces 3 là pour être là. Ralph 28 août 2005 à 22:39 (CEST)

Ok. J'attends jusqu'au 5 et si ya pas d'objections, je remplace :) — NoJhan ♥! 28 août 2005 à 23:02 (CEST)

J'oubliais: félicitations! Ralph 28 août 2005 à 23:09 (CEST)

Merci, c'est fait. — NoJhan ♥! 6 septembre 2005 à 13:39 (CEST)

Mon avis est de remanier sans supprimer. guffman 11 octobre 2005 à 00:33 (CEST)

Le remaniement est déjà en place, vous pouvez éditer l'article à loisirs. — NoJhan ♥! 11 octobre 2005 à 10:49 (CEST)

[modifier] Discution passage en AdQ

La proposition de passage en Article de qualité m'a encouragé à émettre plusieurs critiques de l'article. Je ne suis pas vraiment spécialiste du sujet, donc il y a probablement des erreurs dans ce qui suit. Arnaudus 27 décembre 2005 à 12:01 (CET)

[modifier] Plan général et introduction

Un éditeur problématique (Gemme pour ne pas le nommer) avait pourant dit un truc pas idiot dans la page de vote Adq : on parle d'un sujet qu'on ne définit pas. L'intro devrait comporter les éléments suivants : quoi? où? comment? quand? Et ce n'est pas du tout le cas. Le terme d'"énigme" me gène également. On peut encore parler de problématique scientifique, encore en débat, etc etc. Mais "énigme", c'est très fort comme mot.

Je suis également dubitatif sur ce premier paragraphe, "L'apparition de la vie". La théorie de J.M. Smith est une théorie parmi tant d'autres, mais je ne saisis pas vraiment pourquoi la mettre au premier plan de cette manière. Je pense par exemple que la place très précoce accordée aux membranes phospholipidiques est contestable : dans un monde à ARN, où le réplicateur est lui-même l'expression de son phénotype, la présence de membranes n'est pas nécessaire pour avoir une évolution biologique : la membrane ne devient nécessaire que quand le réplicateur doit garder auprès de lui les éléments nécessaires à sa survie et à sa reproduction, mais qu'il ne peut pas fixer. Je pense qu'on décrit ici une divergence profonde entre les partisans d'une apparition "cellulaire" de la vie et les autres, mais cette divergence existe probablement, et ça serait une erreur d'orienter l'article aussi rapidement vers le rôle de la cellule, qui ne me semble indispensable qu'avec l'apparition de l'ADN (j'exagère un peu, disons : avec l'apparition de la traduction, même si j'imagine que les premières protéines pouvaient très bien vivre leur "vie" fixée au brin d'ARN qui leur a donné le jour : une sorte de vie macromoléculaire, qui a très bien pu se maintenir très longtemps avant l'innovation de la membrane biologique. Ca existe actuellement et ça s'appelle des virus, d'ailleurs.). Arnaudus 27 décembre 2005 à 12:01 (CET)

Ok pour l'introduction, qui n'est pas géniale, je releverais néanmoin quelques nuances : ce n'est pas le rôle de cet article que de définir ce qu'est la vie, mais à l'article Vie lui-même (qui n'est pas génial, c'est un fait, à travailler). Que pense-tu de :

En ce qui concerne Maynard-Smith, mon point de vue est simple : c'est certes une théorie pamrmi d'autres mais 1) elle est clairement sourcée et vérifiable et 2) elle n'émane pas du premier amateur d'extraterrestres venu. Perso, je trouve intéressant de le citer à cet endroit, tout simplement parce que c'est une référence. Maintenant, j'ai mon avis sur la question, mais tant que je n'aurais pas de source au moins aussi fiable, je ne l'incluerais pas dans l'article. Cependant, je t'invite à justement lire les explications de Maynard-Smith sur la question, il affirme que les réactions nécessaires à la réplication ne sont possible que : soit sur une surface (« dans un premier temps »), soit dans un compartiment, mais sûrement pas dans un milieu « ouvert ». En fait, le problème est surtout de l'ordre de la réaction chimique, bien qu'il insiste également sur l'importance d'une apparition très précoce d'une « coopération ». De fait, les partisants d'une apparition d'un compartiments isolé seulement avec l'ADN sont tellement rares que je n'ai pas vraiment trouvé de références dans ce sens, je suis donc preneur :-) N☸Jhan 27 décembre 2005 à 16:38 (CET)

Je ne suis pas certain de te suivre quand tu parles de "compartiments isolé seulement avec l'ADN", en tout cas, je ne suis pas sûr que ça corresponde à ce que j'ai dit plus haut :-) Je serais plutôt partisant de reprendre les références de nos amis anglophones, que je trouve beaucoup plus universelles : The biologist John Desmond Bernal, in coining the term Biopoesis for this process suggested that there were a number of clearly defined "stages" that could be recognised in explaining the origin of life. Stage 1: The origin of biological monomers. Stage 2: The origin of biological polymers. Stage 3: The evolution from molecules to cell. Bernal suggested that Darwinian evolution may have commenced early, some time between Stage 1 and 2. En tout cas, je me retrouve beaucoup mieux dans cette vision que dans celle de M. Smith qui, sans plus de précisions (lire son oeuvre, par exemple, serait une bonne chose, mais on ne peut pas l'exiger de chaque lecteur de l'article). Arnaudus 30 décembre 2005 à 13:29 (CET)

En l'occurence, il faut bien remarquer que Maynard-Smith place la création des auto-réplicant avant les compartiments, il place par contre leur coopération après cette dernière. Il n'y a donc pas de différence de point de vue flagrante avec Bernal. Par contre, j'avais tenté une synthèse dans la suite du paragraphe, qui elle découpait différemment, car elle me semblait plus acceptée.

De fait, il faudrait prendre le temps d'inclure les points de vues manquant depuis l'article anglais, et de synthétiser un peu. N☸Jhan 5 janvier 2006 à 12:06 (CET)

[modifier] L'origine des molécules organiques

J'avais noté dans la proposition en AdQ que le plan de cette partie était discutable, et je persiste. On parle d'abord de la formation de macromolécules, puis de l'expérience de Miller, puis de l'asymétrie des monomères. Je verrais bien les macromolécules en dernier, bref, opter pour un plan qui suit la chronologie probable des évènements, et pas la chronologie des découvertes scientifiques (c'était ce que j'avais essayé de dire à propos de l'expérience de Miller, qui apparaît en premier dans les deux cas, ce qui pourrait occasionner une certaine confusion).

Je suis également toujours géné avec cette discution sur la chiralité. On estime donc que l'homochiralité serait plutôt antérieure à l'apparition de la vie, ce sont les théories abiotiques. : il faut à tout prix des références là-dessus. Personnellement, je ne suis pas du tout d'accord avec cette version. La raison actuelle de l'homochiralité est biotique : toutes les enzymes du vivant ne peuvent fabriquer d'un seul type d'acides aminés. je ne vois vraiment pas pour quelle raison on doit changer d'opinion pour l'origine de l'homochiralité. Il faut supposer que les toutes premières formes de vie utilisaient des acides aminés. Que la chiralité de ces acides aminés avait un impact sur la chimie de ces premières protéines (c'est le cas sur les protéines actuelles, mais on ne connaît rien des protéines de l'époque). Enfin, il faut exclure le simple "tri", pourant l'hypothèse la plus simple si on dispose d'un moyen pour reconnaître la chiralité des briques élémentaires. Non, vraiment, je suis en désaccord total sur le poids respectif des deux "théories", et sur les arguments tordus qui soutiennent la théorie abiotique.

Suite au prochain épisode... :-) Arnaudus 27 décembre 2005 à 12:01 (CET)

Pour l'ordre du plan, ça se discute je trouve : l'expérience de Miller (même critiquée) n'explique pas vraiment l'apparition de macro-molécules, mais de molécules organiques (chimie du carbone, donc). Chronologiquement, elle se place au même moment que les théories suivantes. Seulement, elle n'explique pas l'homochiralité, l'ordre narratif la place donc avant, afin d'introduire un petit effet de style. Mais bon, si ça fait vraiment tâche, on change, hein !

Pour les références, il suffit de consulter la section idoine : Meierhenrich et Nahon (c'est d'ailleurs lui qui affirme ça, et on peut le croire quand il prend la température du monde scientifique sur le sujet, vu que c'est son boulot, j'ai néanmoins corrigé dans l'article). Là encore, en consultant des travaux relativement récent, je ne vois pas beaucoup de traces des partisants d'une homochiralité biotique, ni d'une première forme de vie sans acides aminés (là, je sèche même complétement), ni encore d'une variation dans la chimie des protéines (idem, j'imagine mal les conséquences d'une telle idée, mais c'est une énorme remise en cause).

Je veux bien croire que tu sois en désaccord total, mais il ne suffirait que de quelques références pour équilibrer l'article, alors au boulot :-) N☸Jhan 27 décembre 2005 à 16:38 (CET)

Je pense qu'on est d'accord sur l'expérience de Miller (désolé si j'ai pu te faire penser qu'on était en désaccord sur ce point) : elle doit figurer dans l'article, et correspond à l'apparition des monomères à la base du vivant. Que l'expérience soit discutable, je n'en doute pas, mais la question, c'est comment faire des sucres, des acides aminés, des bases azotées etc. à partie des molécules de base de la chimie prébiotique. Ensuite, on peut discuter des macromolécules.

Par contre, je suis toujours gêné par cette histoire d'homochiralité. J'ai été faire un peu de biblio (voir par exemple [2], ça fait déja pas mal d'articles). J'ai eu du mal à saisir en cours un débat qui semble se poursuivre depuis longtemps, mais à ce qu'il m'a semblé, la question ne se pose pas vraiment comme elle est décrite dans le présent article. Il semblerait que l'acquisition d'une biochimie homochirale soit sans problème attribuée à un processus Darwinien, mais que la question de base concerne le déterminisme ou non de ce "choix" ; de nombreux auteurs cherchent à mettre en évidence des mécanismes susceptibles de créer un léger "biais" initial, biais à partir duquel il devient naturellement avantageux de métaboliser une forme plutôt qu'une autre. Je n'ai trouvé ce rejet total d'un mécanisme de sélection naturelle que chez les auteurs que tu as cités, Meierhenrich et Nahon, qui ont l'air de vrais "communicateurs" avec des sites web bien illustrés, etc. Mon problème, c'est que, comme je l'ai dit plus haut, je ne suis pas du tout spécialiste dans ce domaine, et quelque chose me "picote" : soit j'ai une vision assez ancienne du processus, et actuellement, Meierhenrich et Nahon ne sont qu'une partie émergée d'un iceberg majoritaire, soit ces deux gugusses sont des "extrémistes" qui réussissent à voir leurs idées médiatisées justement grâce à leur "impact" et à leur rejet par les autres scientifiques. Je voudrais simplement que tu comprennes que je me sens pas vraiment à l'aise si on laisse l'article comme ça, mais je ne me sens pas vraiment capable de le modifier dans l'autre sens non plus.

Encore une fois, je suis assez convaincu par le contenu de l'article anglophone : Another unsolved issue in chemical evolution is the origin of homochirality, i.e. all monomers having the same "handedness" (amino acids being left handed, and nucleic acid sugars being right handed). Homochirality is essential for the formation of functional ribozymes (and probably proteins too). The origin of homochirality might simply be explained by an initial asymmetry by chance followed by common descent. Work performed in 2003 by scientists at Purdue identified the amino acid serine as being a probable root cause of organic molecules' homochirality. Serine forms particularly strong bonds with amino acids of the same chirality, resulting in a cluster of eight molecules that must be all right-handed or left-handed. This property stands in contrast with other amino acids which are able to form weak bonds with amino acids of opposite chirality. Although the mystery of why left-handed serine became dominant is still unsolved, this result suggests an answer to the question of chiral transmission: how organic molecules of one chirality maintain dominance once asymmetry is established. Si j'insiste de la sorte, c'est que sur ce point également, je suis beaucoup, beaucoup plus convaincu par l'article anglais que par l'article français. Peut-être est-ce l'opposition de deux visions? Peut-être je retrouve dans l'article anglais le côté rassurant de ce qu'on m'a raconté en cours? En tout cas, je ne peux pas modifier mon vote sur le passage en article de qualité tant que je ne me sertirai pas plus à l'aise avec le contenu de l'article francophone. Arnaudus 30 décembre 2005 à 13:46 (CET)

Le mieux serait tout simplement d'inclure les deux points de vue ! Je préfère avoir un article neutre qui synthétise des débats plutôt qu'un article qui prend parti sur les compétences de tel ou tel scientifique :-) À faire donc, quand j'aurais le temps (à moins qu'une bonne âme prenne le temps de le faire). N☸Jhan 5 janvier 2006 à 12:06 (CET)

[modifier] 2 références ajoutées

Venez répondre à ma question : Dois-je m'abstenir de modifier un article proposé pour devenir un « article de qualité » ? - STyx 24 janvier 2006 à 19:39 (CET)

Oui on peut. Un article de qualité n'est pas intouchable ;-) --Meithal 24 janvier 2006 à 20:28 (CET)

lisez bien la question svp : proposé -- STyx

Ça ne change rien, tout article est modifiable quand on le souhaite. Les diverses « procédures » n'ont rien à changer à ce principe de base de Wikipédia. D'ailleurs, on observe que la proposition comme AdQ permet de rameuter des contributeurs, ce qui est une bonne chose. N☸Jhan 26 janvier 2006 à 09:10 (CET)

[modifier] Proposition d'article de qualité refusée le 25 janvier 2006

[modifier] mars et panspermie

j'ais fait la meme proposition dans la version englaise.La theorie de mars c'est pas juste une variente de la panspermie.Cette dernierre elle explique rien elle reporte juste le problemme.Une origine marsienne de la vie sur terre a comme but d'explique pourquoi la vie est apparu si rapidement sur terre apret quel a refroidit.Mars etant une planette beaucoups plus petite elle c'est refroidi plus vite et donc l'evolution prebiotique a eu du temps sur mars au moment ou la terre etait encore en fusion(quelque chose comme 1 milliard d'annee mais il faut verifier ce chifre,donc vraiment pas negligable,et sa explique aussy l'apsence de fossile) mon francais(et englai) son tros mauvait pour que je touche les articles moi meme,donc je me contente de poluer les discutions

[modifier] Origines de la vie#L'expérience Urey-Miller et l'origine des molécules organiques

Il est dit : « Miller et Urey ont utilisé une atmosphère réductrice (méthane CH4, NH3, H2, H2O) et non pas une atmosphère oxydante, telle qu'elle était sur Terre à époque de l'apparition de la vie. » je suis pas trop d'accord avec le et non pas une atmosphère oxydante etc.. - phe 4 juin 2006 à 20:30 (CEST)

je suppose que tu trouves que c'est un peu trop affirmé?. GordjazZ âllô?. 4 juin 2006 à 21:00 (CEST)

Le problème est que la composition de l'atmosphère au moment de la formation des premières molécules organiques n'est pas vraiment connu avec précision. Il n'y a pas eu confusion avec la composition de l'atmosphère au moment ou les fomes de vie les plus anciennes ont laissé des traces ? - phe 15 juin 2006 à 18:06 (CEST)

Confusion, je n'en sais rien. Toujours est-il qu'il me semble qu'à un moment, c'était la tendance de considérer les choses comme ça. Et que "dire qu'on ne sait pas" est en fait une position plus moderne. Mais je ne dis ça qu'à partir de livres de vulgarisation. Le mieux serait de supprimer ce passage, dans le doute. Il vaut ne rien avoir qu'avoir quelque chose de douteux. GordjazZ âllô?. 15 juin 2006 à 20:45 (CEST)

J'ai régler le problème, il venait du fait de considérer une atmosphère C0₂-N₂ comme une atmosphère oxydante alors que c'est seulement une atmosphère moins réductrice que CH₄-NH₃, pour les incertitudes elles ont l'air de disparaître, C0₂-N₂ est considéré de plus en plus plausible par rapport à l'alternative. - phe 19 janvier 2008 à 10:48 (CET)

[modifier] Ecopoese

J'ai réverté le passage suivant :

Le modèle de l'Écopoèse [3] propose que les cycles géochimiques des éléments biogeniques, conduits par une atmosphère primitive riche en oxygène, ont eté la base d'un métabolisme planétaire qui a précédé et conditionné l'évolution graduelle de la vie organismale.

Motif : aucune publication dans un journal à comité de lecture (j'ai vérifié sur ISI) ne mentionne "ecopoesis" ni dans son titre, ni dans ses mots clés, ni dans l'abstract. Les références données dans le site externe sont deux bouquins publiés en portugais pas un certain F. de Souza, et c'est tout. Il y a un certain nombre de "pings" sur Google, mais je ne pense pas qu'il soit judicieux de présenter cette théorie comme une théorie scientifique. Arnaudus 27 février 2007 à 09:42 (CET)

Je confirme, j'ajouterais que "éléments biogeniques" + "métabolisme planétaire" + "conditionné l'évolution" + "organismale" = suspicions de fumisterie sans représentation pertinente dans la littérature. nojhan→☸ 28 février 2007 à 15:57 (CET)

L'auteur de l'ajout n'avait simpement pas bien compris nos critères. Il espérait que nous puissions juger par nous même du caractère scientifique du travail. Ce travail n'est pas reconnu par la communauté scientifique (auteur non scientifique, publication ne portugais), point barre : que ça soit de la fumisterie ou une théorie révolutionnaire, ça ne peut pas être mentionné ici. Arnaudus 1 mars 2007 à 10:43 (CET)

Certes, j'ai un peu perdu en qualité de formulation ces derniers temps :-) nojhan→☸ 1 mars 2007 à 15:35 (CET)

Arnaudus, il faut chercher à ecopoiesis (ci-jointes, références données par Medline d'articles qui semblent être publiés dans des revues scientifiques à comité de lecture)

- Badescu V. Regional and seasonal limitations for Mars intrinsic ecopoiesis. Acta Astronaut. 2005 Apr;56(7):670-80. - Guerrero R. Crucial crises in biology: life in the deep biosphere. Int Microbiol. 1998 Dec;1(4):285-94 (Review). - Fogg MJ. Terraforming Mars: conceptual solutions to the problem of plant growth in low concentrations of oxygen. J Br Interplanet Soc. 1995 Oct;48(10):427-34. - Haynes RH, McKay CP. The implantation of life on Mars: feasibility and motivation. Adv Space Res. 1992;12(4):133-40.

Il y a un article "écopoïèse" sur Wikipedia.

Bravo pour votre magnifique travail à tous

Fabienne, 1/8/2007

Ah bah je ne comprends plus, l'intervention précédente parle d'écopoèse, et ecopoiesis, c'est bien l'écopoïèse, qui est plus ou moins l'équivalent scientifique de la terraformation. Pas de "cycles géochimiques des éléments biogéniques" là dedans... Arnaudus 2 août 2007 à 23:34 (CEST)

[modifier] Auguste Commeyras

Comme Miller, Auguste Commeyras réussit lui aussi à reconstituer l'évolution chimique vers la vie en faisant réagir entre elles des molécules d'ammoniac, d'acide cyanhydrique et de formaldéhyde. Quelques explications en seraient la bienvenueBerdom 17 avril 2007 à 21:26 (CEST)

[modifier] LUCA, une cellule à ARN ?

La nature du génome de LUCA reste encore inconnue. On ignore s'il faisait encore partie du monde à ARN, ou s'il avait déjà un génome à ADN. Mushegian et Koonin ont suggérés, en 1996, que Luca possédait encore un génome à ARN, et que l’ADN aurait été inventé deux fois, dans la branche des bactéries et dans une branche commune aux archées et aux eucaryotes. Cependant, l’hypothèse d’un LUCA possédant un génome à ADN est également envisageable. Les ADN polymérases, primases et hélicases ancestrales présentes chez LUCA auraient ensuite été remplacées par des analogues fonctionnels non homologues, soit chez les bactéries, soit dans une lignée commune aux archées et aux eucaryotes. Ces protéines « remplaçantes » auraient pu provenir de virus à ADN.

Il est encore trop tôt pour trancher en faveur de l'une des deux hypothèses.

L'hypothèse de la double apparence de l'ADN n'est pas très parcimonieuse. Il faut avoir de sérieuses raisons pour mettre en doute que LUCA avait un génome de type ARN, raisons que je ne connais pas (c'est basé sur les enzymes, qui ne sont pas homlogues?). Enfin, à ma connaissance, on ne sait même pas où est la racine de l'arbre du vivant, il me semble délicat de parler de "lignée commune aux archées et aux eucaryotes"... Que d'inconnues :-) Dans tous les cas, il faut être précis sur les sources, parce qu'on ne peut pas aller chacun de notre petite théorie personnelle. Arnaudus 6 août 2007 à 12:12 (CEST)

Je m'auto-tempère : l'accumulation récente d'arguments convainquants fait qu'une double apparition de l'ADN est de moins en moins improbable. Arnaudus 19 novembre 2007 à 16:39 (CET)

[modifier] Rôle des surfaces minérales.

Le § 1.1.1 " Une explication : la condensation sur surfaces minérales" ne me semble pas être à sa place. En effet, l'adsorption sur les surfaces minérales est moins souvent invoquée pour expliquer la formation des petites molécules biologiques (acides aminés, acides nucléiques) que comme scénario de leur polymérisation ultérieure (en protéines ou en ARN respectivement). Je pense donc que ce § devrait être déplacé et devenir 1.2.1 (il s'agit en effet d'une tentative d'explication de l'étape suivante dans la formation de structures complexes). D'ailleurs, le § 1.2 allait un peu vite en besogne en passant directement des molécules biologiques aux protocellules. Entre les deux, il y a une étape "formation de biopolymères" qui représente un niveau intermédiaire de complexité et n'est pas facile à expliquer non plus. J'ai donc légèrement modifié l'intro de ce § dans ce sens. Noter que cette étape intermédiaire doit se produire aussi bien dans les scénarios "métabolisme d'abord" que "réplication d'abord"